03.30 – 05.00          Qiyamullail dan sholat shubuh

05.00 – 06.30          Kegiatan Tahfidzul Qur’an

06.00 – 07.30          Sarapan dan persiapan sekolah

07.30 – 11.45          Kegiatan Belajar Mengajar di kelas

11.45 – 13.45          Sholat dzuhur dan makan siang

13.45 – 15.00          Kegiatan Belajar Mengajar di kelas

15.00 – 15.45          Sholat ashar

15.45 – 16.30          Halaqoh Tahfidzul Qur’an

16.45 – 17.05          Olah Raga dan Ekstrakulikuler

17.05 – 17.40          Mandi, Persiapan ke masjid, Sholat Maghrib

17.40 – 18.35          Sholat Maghrib

18.35 – 19.00          Tilawah Al Qur’an di asrama dan penyampaian kalimah jadidah

19.00 – 19.30          Makan malam

19.30 – 20.00          Sholat isya

20.00 – 21.30          Belajar muwajjah di kelas

21.30 – 03.30          Istirahat

NB : Antara waktu adzan dan iqomah kegiatan muroja’ah hafalan Al Qur’an secara berjama’ah

Kegiatan Ekstrakulikuler di Pondok Pesantren Rafah meliputi:

1. Sepak Bola
2. Futsal
3. Bola Basket
4. Bola Voli
5. Badminton
6. Tenis Meja
7. Gymnastic
8. Pramuka
9. Super Camp
10. Out Bound
11. Muhadatsah atau Conversation
12. Lari Pagi sepekan dua kali
13. Latihan Pidato 3 Bahasa
14. Nasyid
15. Hadroh
16. Marawis
17. Seni Kaligrafi
18. Seni Lukis
19. Seni Drama Teater
20. Seni Fotografi
21. Jurnalistik (Majalah Santri)