Satuan Pendidikan MU’adalah adalah program pendidikan resmi yang berada dibawah Direktorat Pendidikan Diniyyah dan Pesantren Kementrian Agama RI setelah terbitnya Peraturan Menteri Agama (PMA) No. 18 Tahun 2014 disamakan dengan pendidikan Madrasah Tsanawiyyah dan ‘Aliyah yang berada di bawah Direktorat Madrasah dan Pendidikan Agama Islam Kementrian Agama. Jadi, lulusan Satuan Pendidikan Mu’adalah akan mendapatkan ijazah yang bisa digunakan untuk melanjutkan ke perguruan tinggi baik negeri maupun swasta.

Dalam program Satuan Pendidikan Mu’adalah ini pesantren diberikan kewenangan dan keleluasaan dalam mengatur kurikulum dan system pendidikan, serta tidak diikutkan Ujian Nasional (UN). Pesantren dapat secara mandiri merancang pengembangan kompetensi santrinya dengan tetap mendapat ijazah yang diakui oleh negara.

Kurikulum yang digunakan di Pondok Pesantren Rafah adalah kurikulum Satuan Pendidikan Muadalah – Tarbiyatul Mu’allimin AI Islamiyyah (mengacu pada kurikulum Pondok Modern Gontor Ponorogo) dengan materi pelajaran yang diajarkan sebagai berikut :