Kurikulum Pendidikan Pondok Pesantren Rafah adalah Tarbiyatul Mu’allimin Al Islamiyyah yang berkiblat ke kurikulum KMI Pondok Modern Gontor  dengan program Satuan Pendidikan Mu’adalah dibawah naungan Kementerian Agama  RI dengan jenjang pendidikan 6 tahun untuk lulusan MI/SD dan 4 tahun untuk lulusan MTs/SMP. Muatan pelajaran TMI mencakup  Bahasa Arab, Dirasah Islamiyyah, Bahasa Inggris, Ilmu Pengetahuan Alam, Ilmu Pengetahuan Sosial, ilmu keguruan dan dilengkapi dengan program Tahfidzul Qur’an sebagai program unggulan. Juga beberapa program santri kelas enam diantaranya : Fathul Kutub, Rihlah Ilmiyyah Iqtishodiyyah, amaliyah tadris / praktek latihan mengajar, bahtsul masa’il,  kegiatan pembekalan kelas enam seperti praktek mengurus jenazah, mawarist,  serta keterlibatan santri dalam kepanitiaan ujian.

Satuan pendidikan mu’adalah adalah program pendidikan resmi yang berada dibawah Direktorat Pendidikan Diniyyah dan Pesantren Kementerian Agama RI setelah terbitnya Peraturan Menteri Agama (PMA) no 18 tahun 2014 disamakan dengan pendidikan Madrasah Tsanawiyyah dan Aliyah yang berada di bawah Direktorat Madrasah dan Pendidikan Agama Islam Kementerian Agama. Jadi lulusan satuan Pendidikan Mu’adalah akan mendapatkan ijazah yang bisa digunakan untuk melanjutkan ke perguruan tinggi baik negeri maupun swasta.

Dalam program satuan pendidikan mu’adalah ini pesantren diberikan kewenangan dan keleluasaan dalam mengatur kurikulum dan sisitim pendidikan, dan tidak diikutkan Ujian Nasional (UN). Pesantren dapat secara mandiri merancang pengembangan kompetensi santrinya dengan tetap mendapat ijazah yang diakui oleh negara.