TPQ Rafah merupakan cikal bakal berdirinya Pondok Pesantren Rafah sebagai lembaga pendidikan Islam yang berfokus pada pembinaan generasi Qur’ani sejak usia dini. 

Dibuka sejak tahun 1419 H, Kegiatan TPQ Rafah dilaksanakan di lingkungan Pondok Pesantren Rafah dengan suasana belajar yang nyaman dan mendukung tumbuhnya semangat belajar anak-anak. Para santri dibimbing untuk belajar membaca Al-Qur’an mulai dari iqra’, tahsin, hafalan surat pendek, doa-doa harian, praktik ibadah, hingga pembiasaan adab islami dalam kehidupan sehari-hari.

Selain kegiatan pembelajaran rutin, TPQ Rafah juga menghadirkan berbagai kegiatan ekstrakurikuler yang edukatif dan islami yang dirancang agar anak-anak dapat belajar dengan menyenangkan. 

Hingga saat ini, TPQ Rafah tetap menjadi bagian penting dalam perjalanan Pondok Pesantren Rafah sebagai langkah awal pembentukan karakter dan pendidikan Islam bagi anak-anak, dengan harapan mampu melahirkan generasi Qur’ani yang shalih, cerdas, dan bermanfaat bagi agama, bangsa, dan umat.